Печатные издания
В фондах музея собрана коллекция редких книг, имеющих как научную, так и культурную значимость.
Макеты и модели
Коллекция включает уникальные модели судов и кораблей, сделанных в макетных мастерских судостроительных заводов, по которым можно проследить эволюцию судостроения с начала XIX века, а также получить информацию о технических характеристиках судов.
Новые поступления
Музей морского флота постоянно пополняет фонды вещественными реликвиями, произведениями живописи и скульптуры, документальными источниками, предметами техники и нумизматики.
Документальные коллекции
Коллекция письменных источников представлена документами делопроизводства (приказы, акты, рапорты, переписка и т. д.) профильных организаций: Министерства морского флота СССР, Центрального комитета профсоюза рабочих морского и речного флота СССР, морских и речных пароходств СССР, судоремонтных заводов и других учреждений.