Археология и окружающая среда
В фондах ФБУ «Музей морского флота» широко представлены предметы археологии, в том числе поднятые со дна морей якоря разных эпох, предметы естественнонаучной коллекции: чучела пингвинов, водных позвоночных, альбатроса с размахом крыльев 2,7 м. Разнообразна также коллекция кораллов.
Изобразительное искусство
Фонды музея включают богатейшие собрание изобразительного искусства: живопись, графика, скульптура. Здесь представлены уникальные полотна, которые были заказаны Московскому художественно-производственному комбинату специально для экспозиции музея «Морской флот СССР», а также авторские работы, позволяющие проследить основные этапы становления и развития отечественного торгового флота, историю географических открытий и исследований на море, представить важнейшие морские сражения с участием кораблей нашей великой державы.
История техники
В фондах музея широко представлены предметы, которые отражают различные этапы развития истории науки и техники судостроения: детали судов, механизмы, средства управления судном, приборы, средства навигации, а также другие устройства техники, раскрывающие творческую деятельность ученых, инженеров и изобретателей, иллюстрирующие характерные особенности технического дизайна.
