Мемориальные комплексы
В фондах Музей морского флота хранятся мемориальные комплексы, которые состоят из предметов, связанных с жизнью и деятельностью министров морского флота Т.Б. Гуженко, А.А. Афанасьева, капитанов А.И. Дедюрина, С.П. Мышевского, В.Ф. Скорупского, писателя-мариниста Л.С. Соболева.
Естественно-научная коллекция
Декоративно-прикладное искусство
Приборы и устройства
В фондах музея широко представлены предметы, которые отражают различные этапы развития истории науки и техники судостроения: детали судов, механизмы, средства управления судном, приборы, средства навигации, а также другие технические устройства, раскрывающие творческую деятельность ученых, инженеров и изобретателей, иллюстрирующие характерные особенности технического дизайна.