Научная библиотека ФБУ «Музей морского флота» насчитывает более 5000 книг и включает издания, сохранившиеся от выставки «Морской флот СССР», а также книжное собрание библиотеки Главного управления Северного морского пути. Тематика библиотеки, соответствующая профилю музея, раскрывает историю российского морского флота. Книжный фонд состоит из справочной, научной и технической литературы по исследованию морей и метеорологии, по морскому транспорту, включая судостроение, судоремонт, судовождение, управление судном.
Библиотека систематизирована по разделам:
- Энциклопедические и справочные издания;
- Каталоги;
- Атласы;
- Альбомы;
- Регистровые книги.
В научной библиотеке музея представлены труды Петербургской Академии наук, Арктического и антарктического научно-исследовательского института, книги по метеорологии и гидрологии Главного управления гидрометеорологической службы, научные журналы «Известия Всесоюзного географического общества» и «Труды Пловучего морского научного института». Научный интерес представляют издания по естествознанию, географии и экспедициям, этнографии, экономике, которые освещают проблемы Арктики.
