Коллекция фотодокументов представлена пленочными фотоносителями и фотографиями выдающихся представителей отрасли, руководителей морского транспорта, капитанов и членов команды судов, работников портов и судостроительных заводов. Фотодокументы из фондов музея несут ценную информацию о важнейших моментах научных экспедиций, походов исследовательских судов. Среди кадров работ, проводимых судами технического и вспомогательного флотов, выделяется серия фотографий, иллюстрирующих первый поход атомного ледокола «Арктика» на Северный полюс в 1977 году.

Большой интерес представляют фототеки морского и речного флота, состоящие из более чем 20000 фотографий и фотонегативов. На снимках отражена информация о судах, технологиях их постройки, работе в портах и другие аспекты, связанные с судовыми техническими средствами водного транспорта. Перед нами – ожившая фотолетопись советского флота в один из наиболее ярких и продуктивных периодов его истории (1960–1980-е годы). Фотографии судов различного назначения, портов и пароходств, а также судоверфей, оборудования, приборов и технических средств, используемых в отрасли, имеют историческую ценность и представляют интерес для специалистов отрасли.

По-своему уникальны репортажные и любительские фотографии транспортных, учебных и пассажирских судов, ходивших под флагом СССР, которые иллюстрируют внутреннее устройство и интерьеры кораблей, работу экипажа и жизнь отдыхающих на борту (парусное учебное судно «Товарищ», пассажирские теплоходы «Адмирал Нахимов», «Иван Франко», «Одесса» и многие другие).

В собрании музея хранится интересная коллекция фонодокументов, например записи бесед и воспоминаний легендарных участников заседаний «Клуба капитанов», позволяющие увидеть многие уже известные факты в новом свете. Уникальна магнитная лента с записью рассказов капитана дальнего плавания и первого директора музея – А.П. Бочека.