Музей морского флота активно налаживает контакты с организациями, связанными с морским и речным судоходством, профильными образовательными учреждениями и крупнейшими музеями страны в целях нравственно-патриотического и профессионального воспитания граждан. В настоящее время заключены соглашения со следующими организациями:

Музеи

1. ГАУК Республики Крым «Историко-культурный, мемориальный музей-заповедник «Киммерия М. А. Волошина» (г. Коктебель)

2. ГБУК «Русский музей фотографии» (г. Нижний Новгород)

3. ГБУК «Литературно-художественный музей книги А. П. Чехова «Остров Сахалин» (г. Южно-Сахалинск)

4. ГБУК г. Москвы «Государственный музей истории ГУЛАГа» (г. Москва)

5. ГБУК г. Москвы «Дом-музей Марины Цветаевой» (г. Москва)

6. ГБУК г. Москвы «Музей-панорама «Бородинская битва» (г. Москва)

7. ГБУК Архангельской области «Северный морской музей» (г. Архангельск)

8. ГБУК Ростовской области «Ростовский областной музей краеведения» (г. Ростов-на-Дону)

9. ГБУКиДО г. Москвы «Мультимедийный комплекс актуальных искусств» (г. Москва)

10. МБУ «Долгопрудненский историко-художественный музей» (г. Долгопрудный)

11. МБУ «Музей-заповедник «Дмитровский кремль» (г. Дмитров)

12. МБУК Ейского городского поселения Ейского района «Ейский историко-краеведческий музей им. В. В. Самсонова» (г. Ейск)

13. МБУК Туапсинского городского поселения «Туапсинский историко-краеведческий музей им. Н. Г. Полетаева» (г. Туапсе)

14. СПБ ГБУК «Государственный музей истории Санкт-Петербурга» (г. Санкт-Петербург)

15. ФГБУ «Центральный военно-морской музей имени императора Петра Великого» Минобороны России (г. Санкт-Петербург)

16. ФГБУК «Государственный исторический музей» (г. Москва)

17. ФГБУК «Государственный научно-исследовательский музей архитектуры имени А.В. Щусева» (г. Москва)

18. ФГБУК «Государственный центральный музей кино» (г. Москва)

19. ФГБУК «Государственный центральный музей современной истории России» (г. Москва)

20. ФГБУК «Музей истории Дальнего Востока имени В. К. Арсеньева» (г. Владивосток)

21. ФГБУК «Политехнический музей» (г. Москва)

22. ФГБУК «Российский государственный музей Арктики и Антарктики» (г. Санкт-Петербург)

23. ФГБУК «Российский национальный музей музыки» (г. Москва)

Учреждения науки и культуры

1. ГАУ Ямало-Ненецкого автономного округа «Научный центр изучения Арктики» (г. Салехард)

2. ГБУК г. Москвы «ЦБС ЦАО» Детская библиотека № 18 им. В.А. Жуковского (г. Москва)

3. ГБУК г. Москвы «ЦБС ЦАО» Детская библиотека № 20 им. А. А. Дельвига (г. Москва)

4. ГБУК г. Москвы «ЦБС ЮЗАО» (г. Москва)

Образовательные учреждения

1. ГБОУ г. Москвы «Дворец творчества детей и молодежи «Интеллект» (г. Москва)

2. МБОУ Гимназия № 7 (г. Чехов)

3. МБОУ СОШ № 12 им. М. П. Лазарева муниципального образования г. Новороссийск (г. Новороссийск)

4. ФГБОУ ВО «Сибирский государственный университет водного транспорта» (г. Новосибирск)

5. ФГБОУ ВО «Морской государственный университет имени адмирала Г. И. Невельского» (г. Владивосток)

6. ФГБОУ ВО «Волжский государственный университет водного транспорта» (г. Нижний Новгород)

7. ФГБОУ ВО «Государственный морской университет имени адмирала Ф. Ф. Ушакова» (г. Новороссийск)

8. ФГБОУ ВО «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова» (г. Санкт-Петербург)

9. Беломоро-Онежский филиал ФГБОУ ВО «ГУМРФ имени адмирала С. О. Макарова» (г. Петрозаводск)

10. Московская государственная академия водного транспорта – филиал ФГБОУ ВО «Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова» (г. Москва)

11. УДПО «Морской учебный спортивно-технический центр ООГО «ДОСААФ России» (г. Москва)

Общественные организации

1. Ассоциация военно-морских музеев и хранителей морских традиций

2. Межрегиональная общественная организация фотохудожников «Морской Арт Клуб» (г. Москва)

3. Московский клуб филуменистов «Сувенир» (г. Москва)

4. Музыкально-литературные салоны «Галантные вечера» (г. Москва)

5. Краеведческое общество «Москва-Волга» (г. Москва)

6. Проект мэра Москвы «Московское долголетие» (г. Москва)

7. Религиозная организация «Подворье Патриарха Московского и всея Руси при храме святителя Николая Мирликийского в Тушине г. Москвы Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)», Духовный центр моряков и речников России (г. Москва)

8. Религиозная организация «Подворье Патриарха Московского и всея Руси при храме святого праведного воина Феодора Ушакова в Южном Бутове» (г. Москва)

Подведомственные организации Росморречфлота

1. ФБУ «Азово-Донская бассейновая администрация» (г. Ростов-на-Дону)

2. ФБУ «Администрация Амурводпуть» (г. Хабаровск)

3. ФБУ «Администрация Байкало-Ангарского бассейна внутренних водных путей» (г. Иркутск)

4. ФБУ «Администрация «Волго-Балт» (г. Санкт-Петербург)

5. ФБУ «Администрация «Волго-Дон» (г. Волгоград)

6. ФБУ «Администрация «Камводпуть» (г. Пермь)

7. ФБУ «Администрация «Обь-Иртышводпуть» (г. Омск)

8. ФБУ «Администрация Обского БВП» (г. Новосибирск)

9. ФБУ «Администрация «Печораводпуть» (пгт. Путеец)

10. ФБУ «Администрация «Севводпуть» (г. Котлас)

11. ФГУ «АМП Архангельск» (г. Архангельск)

12. ФГУ «АМП Ейск» (г. Ейск)

13. ФГУ «АМП Сахалина» (г. Корсаков)

14. ФГУ «АМП Тамани» (г. Темрюк)

15. ФГБУ «АМП Балтийского моря» (г. Санкт-Петербург)

16. ФГБУ «АМП Западной Арктики» (г. Мурманск)

17. ФГБУ «АМП Каспийского моря» (г. Астрахань)

18. ФГБУ «АМП Охотского моря и Татарского пролива» (п. Ванино)

19. ФГБУ «АМП Черного моря» (г. Новороссийск)

20. ФГБУ «Канал имени Москвы» (г. Москва)

21. ФГБУ «Морспасслужба» (г. Москва)

22. ФГУП «Росморпорт» (г. Москва)

Другое

1. АО «Адмиралтейские верфи» (г. Санкт-Петербург)

2. АО «Центральное Конструкторское бюро по судам на подводных крыльях имени Р. Е. Алексеева» (г. Нижний Новгород)

3. Журнал о подводном мире «Нептун XXI век»

4. ООО «ВодоходЪ» (г. Москва)

5. ООО «Речфлот» (г. Москва)

6. ООО «Студия Камена» (г. Москва)

7. Транспортная группа FESCO

8. ФГУП «Атомфлот»